微波是頻率從300MHz～300GMHz的電磁波，其方向和大小隨時間作周期性變化。微波與物料直接作用，將超高頻電磁波轉化為熱能的過程即為微波加熱過程。水是強烈吸收微波的物質，物料中的水分子是極性分子，在微波作用下，其極性取向隨著外電磁場的變化而變化，致使分子急劇磨擦、碰撞，使物料產生熱化和膨化等一系列過程而達到微波加熱目的。

電磁場在殺菌過程中表現出來的“非熱因素成為細菌致死的主導因素“打破了常規加熱殺菌的格局，細菌欲生存而需抗爭的對象改為”電磁力“。脈沖電磁場的殺菌機理主要表現在以下兩個方面：電場作用和電離作用，也就是常說的“非生物效應”。

設備特點：

1、時間短、速度快：常規熱力殺菌是通過熱傳導、對流或輻射等方式將熱量從食品表面傳至內部，往往需較長時間，內部才能達到殺菌溫度。微波則利用其透射作用，以熱效應和非熱效應的共同作用，使物品內外均勻的、迅速升溫殺滅細菌。處理時間大大縮短，在強功率密度強度下，甚至只要幾秒～數十秒即達到滿意效果。
2、低溫殺菌、保持藥品成份：微波熱效應的快速升溫和非熱效應的生化作用，增強了殺菌功能。相比常規熱力殺菌在比較低溫的溫度、較短的時間內就能獲得滅蟲殺菌效果，一般殺菌溫度在75～80℃，處理時間3～5分鐘。微波特有加工方式能保留更多的有效成分，保持原有的色、香、味、形等風味。如采用常規熱力處理蔬菜保留的維生素Ｃ在46~50%，微波處理能達到60`90%；常規加熱豬肝維生素Ａ保持在58%，而微波加熱則達84%。
3、節約能源：微波電磁轉換率高，一般在70%以上，優于加熱的電熱效率。加之，微波是直接對食品進行磁熱能量轉換，微波加熱器本身不會被加熱，因而不存在額外的熱功耗，所以節能省電，相比節電30~50%。